三氯异氰尿酸的杀菌原理主要包括以下几个方面：

1. 释放活性氯：三氯异氰尿酸在水中能够缓慢分解，释放出次氯酸（HClO）。次氯酸具有强氧化性，可以破坏细菌、病毒和真菌等微生物的细胞膜结构，导致细胞内物质泄漏，从而杀灭微生物。

2. 氧化作用：分解产生的活性氯可以氧化微生物体内的含巯基（-SH）酶，干扰微生物的代谢过程，影响其生长和繁殖。

3. 氯化作用：能够与微生物的蛋白质发生氯化反应，改变蛋白质的性质，导致微生物死亡。

4. 破坏核酸结构：对微生物的核酸（DNA 和 RNA）产生作用，干扰其遗传信息的传递和表达，从而抑制微生物的生长和繁殖。

综上所述，三氯异氰尿酸通过释放活性氯以及一系列的氧化、氯化等化学反应，破坏微生物的细胞结构和生理功能，达到杀菌消毒的目的。